Hola kobazu.
En principio para poder trabajar con proyectos en Eclipse tienes que trabajar en un
workspace o "
espacio de trabajo", ahora si no deseas tenerlos fisicamente en la misma carpeta los puedes tener en diferentes direcciones fisicas. Lo único que tienes que hacer es importarlos a tu "espacio de trabajo" actual sin necesidad de copiarlos al mismo.
Para hacer esto das clic derecho en la vista "Explordor de proyectos", seleccionas "Importar", en la categoría General seleccionas "Proyectos existentes en el espacio de trabajo" y ahí mediante el botón "Examinar..." buscas el(los) proyecto(s) que quieras agregar a tu "espacio de trabajo".
Espero que te sea de ayuda.