Eso va a ser muy dificil por no decir imposible, hace algun tiempo se descubrio este bug, pero parece que ya cerraron el hilo en el foro de eclipse
http://dev.eclipse.org/newslists/news.eclipse.tools.cdt/msg13234.htmlComo lo que necesitas es imprimir las numeros de linea intenta imprimirlo desde netbeans 6.1 o sino con el Notepad++
Yo no he probado estas caracteristicas, espero que puedas encontrar algo, pero lo tendras que hacer desde fuera de eclipse, ya que ese es un bug que no se si estara resuelto ya en Ganymede.
Cuentanos como te fue.
Lalo