Buufff consulta dificil, y sobre todo con muchas respuestas, asi que te responderé en funcion de mi experiencia.
Yo hice un modulo de programación, hace unos cuantos años, el cual no me sirvio para mucho en cuanto a conocimientos de leguajes de programacion utiles para el mundo laboral, sali con C/C++ visual basic pl/sql y poco mas. Pero si me sirvio para tener una base fuerte en programacion orientada a objetos, gracias a lo cual pude sumergirme por mi mismo en muchos otros leguajes, ASP, PHP, JAVA, C, ahora y si dios quiere ActionScript ... con esto lo que te quiero decir, que lo importante para el mundo laboral no es lo mucho que sabes sobre una cosa ... sino lo rapido que te adaptas a "lo nuevo", por ejemplo estas acostumbrado a trabajar con NetBeans y cambias de curro y te plantan delante Eclipse, ese periodo de adaptacion deberia ser corto y sin necesitar mucha ayuda. Asi mismo, si estas acostumbrado a trabajar con .NET y cambias a J2EE, el periodo de adaptacion deberia ser rapido.
Por otro lado, Eclipse es muy utilizado en el mundo laboral no solo por que es potentisimo, sino por que permite el desarrollo de aplicaciones en diferentes lenguajes bajo un mismo marco de trabajo, tambien es un buen comienzo, pues es bastante sencillo de utilizar y a la vez permite ir escalando la dificultad en cuanto a su manejo, añadiendo plugins, o programando tus propios plugins para el eclipse, por ejemplo.
Existen multitud de paginas, incluida esta, que ofrecen tutoriales de todo tipo y nivel, programacion en JAVA, PHP, C/C++, COBOL etc etc etc bajo esta plataforma.
Como conclusion, la mejor forma de aprender eclipse, es utilizandolo ... asi como la mejor forma de aprender NetBeans es usandolo, o la mejor forma de aprender C/C++ es programando en ese lenguaje.
Por donde empezar, instalar eclipse, y preparalo para el lenguaje que vayas a utilizar, y a partir de ahi ... hasta el infinito y mas alla. Lo demás viene solo. Con decirte que cuando empezé a trabajar yo programaba mis aplicaciones en PHP con el notepad++ te lo digo todo.

Un saludo
theeleb.